2009, Isla Ibis. El científico Edward Kirk, famoso por sus investigaciones sobre una energía alternativa que podría revolucionar el mundo denominada “3ra Energía”, supuestamente murió tres años atrás en un accidente en su laboratorio. El Equipo de Asalto y Operaciones Secretas (S.O.R.T.) ha enviado a un único agente, Tom, para infiltrarse en una instalación militar secreta localizada en dicha isla. Gracias al trabajo de este agente, se ha demostrado que el Dr. Kirk se encuentra con vida y trabajando en esas mismas instalaciones para otro país, en busca de perfeccionar su estudio.
S.O.R.T. envía otros cuatro agentes (Regina, Gail, Rick y Cooper) para capturar al Dr. Kirk. El equipo arriba a la isla, pero durante el descenso en paracaídas, Copper se separa del grupo y termina perdido en la espesa jungla que rodea a las instalaciones. De pronto aparece un Tyrannosaurus y lo persigue hasta que finalmente lo devora. Los otros tres agentes, inconscientes de su muerte, continúan con la misión.
Dentro de la base descubren los cadáveres mutilados y parcialmente devorados del personal de seguridad, además de algunos científicos. Pronto se enteran de que los causantes de este baño de sangre son los dinosaurios que merodean dentro de las instalaciones, e incluso han acabado con el agente Tom. Tras sobrevivir y eliminar a varios de ellos, Regina y su equipo logran aprehender a Kirk. Mientras se preparan para salir de la isla en helicóptero, el Tyrannosaurus regresa y destruye la aeronave, forzándolos a refugiarse de nuevo en la base.
Kirk revela que los dinosaurios fueron traídos al presente por una falla en un experimento con la 3ra Energía. Se creó una grieta en el tiempo que intercambió una porción de la isla en el presente, por la misma del pasado. Mientras las instalaciones se infestan con más dinosaurios y el Tyrannosaurus consigue entrar, el equipo descubre un aerodeslizador y un río subterráneo, los cuáles utilizan para escapar junto con Kirk antes de que los reactores de la 3ra Energía detonen, eliminando a todos los dinosaurios de la isla y previniendo que escapen hacía tierra firme.
Pandemonium 
entonces cual es el final oficial del primer dino crisis?
yo pienso ke es en el ke muere gail x ke con el disco de la 3ra energia el gobierno puede entender con mayor profundidad la 3ra energia y con eso puede desatarse el caos de dino crisis 2
Yo creo que el verdadero final es cuando Kirk es recapturado, Gail sobrevive, y con Kirk bajo arresto, el gobierno pudo sacarle todos sus secretos.
tal vez pero recuerda ke gail dice ke el gobierno lo ke realmente kiere el disco de la 3ra energia y ke kirk es solamente algo pekeñamente adicional.
Necesitamos ke capcom aclare varias cosas sobre varios juegos