La Mitocondria es un orgánulo que vive dentro de las células humanas y ha desarrollado una relación simbiótica con el núcleo de las mismas durante cientos de millones de años. Indispensable para la producción de energía dentro de las células, la mitocondria tiene su propio código genético y la habilidad de evolucionar y multiplicarse. ¿Qué pasaría si este microorganismo tuviera voluntad propia y estuviera esperando el día propicio para apoderarse de la raza humana…?
24 de Diciembre de 1997, Aya es una novata del cuerpo de policía de Nueva York recién incorporada al trabajo. Nacida en Manhattan en el año 1972, la chica adolece de un pasado marcado por la pérdida de su hermana Maya y de su madre Mariko en un accidente automovilístico. Su personalidad es decidida, algo introvertida. Acude con su novio al famoso Carnegie Hall de Manhattan, para contemplar una ópera cuando la estrella del escenario, Melissa Pearce, empieza a comportarse de un modo extraño durante la obra.
Todo pasa muy deprisa: los asistentes al espectáculo empiezan a arden sin posibilidad de salvarse. La función se interrumpe y la soprano parece querer llamar la atención de Aya, la única que no ha sufrido ningún percance durante la hoguera. Tras apuntar con su arma a la soprano, esta se presenta como «Eve«, al parecer una vieja conocida de Aya. Cuando termina el incidente y llega la policía ya es muy tarde; no queda rastro de Melissa, quien ha mutado en una extraña criatura. Sin embargo, la aparición de este personaje hace que Aya comience a plantearse qué clase de relación mantiene con la muchacha, y por supuesto cuál era el motivo de aquel brutal incidente.
Al día siguiente, Eve comienza a infestar la ciudad con todo tipo de criaturas mutantes conocidas como Criaturas Neo-Mitocondriales o NMC por sus siglas en inglés. El poder extra de Aya es lo que le salva una y otra vez de la muerte a la hora de enfrentarse contra estos monstruos que mutan en presencia de la heroína. Ella y su compañero, Daniel Dollis, se dirigen a entrevistar a un científico que trabaja en el Museo de Historia Natural, el Dr. Hans Klamp, quien aporta pocos datos a la investigación sobre Melissa y Eve. Luego, ese mismo día, se enteran de la posible aparición de Eve en Central Park, ya que Melissa daría un concierto navideño. Cuando llegan, Eve convierte a todo el auditorio en una enorme masa anaranjada. Ambas chicas se enfrascan en una batalla, pero nuestra protagonista cae inconsciente durante el combate. Daniel se entera de que su hijo, Ben, se ha salvado de ser convertido en parte de la gran masa mutante.
Manhatttan es evacuada ante la amenaza de Eve y las criaturas. Mientras tanto, un científico japonés llamado Kunihiko Maeda consigue infiltrarse en la ciudad.
Aya despierta en un apartamento donde conoce a Maeda y se reúne con Daniel. Maeda revela el origen de Eve: Hace tiempo en Japón, un científico trató de cultivar las células de su esposa, quien resultó herida en un grave accidente. La mitocondria de dichas células tomó conciencia de si misma y se apoderó del cuerpo de la mujer. Esta nueva criatura, al no poder mantener el control del cuerpo robado por mucho tiempo, buscaba propagar su especie y dar nacimiento a un «Ser Definitivo». Sin embargo, la mitocondria de las células del padre se «reveló» contra la criatura, y finalmente murió. La teoría de Maeda es que esta nueva Eve trata de dar nacimiento al «Ser Definitivo«.
Maeda necesita realizar varias pruebas para corroborar esto, así que los tres se dirigen al laboratorio del Dr. Klamp en el Museo de Historia Natural. Allí, Maeda descubre que las células de Aya son de un tipo especial que neutraliza en control mitocondrial de Eve, y al mismo tiempo le otorgan sus poderes sobrenaturales. El científico concluye que el próximo objetivo de Eve será buscar esperma para crear al Ser Definitivo. Rápidamente se dirigen al banco de esperma del Hospital, pero llegan muy tarde, ya que Eve ha obtenido lo que buscaba y escapa.
Al día siguiente, Aya descubre que Klamp ha desarrollado un tipo de esperma especial, que le permitirá a Eve crear al Ser Definitivo sin ninguna interferencia. Klamp ha finalizado su parte en el plan de Eve, así que termina siendo incinerado y muere al igual que la audiencia de la ópera. Aya se encuentra con Eve en otra parte del museo. La malvada criatura logra escapar al invocar a la enorme masa de Central Park. La masa mutante transporta a Eve a la Isla de la Libertad, donde ésta última forma una poderosa barrera protectora mientras espera a que el Ser Definitivo se geste en su interior.
Todos los intentos del ejército para atacar a Eve fallan debido a la barrera protectora, así que los altos mandos solicitan a Aya que aborde un helicóptero y ataque la Isla, ya que al parecer es la única a la que no le afectan los poderes de la criatura. El plan funciona y comienza la batalla entre estas dos rivales, hasta que Eve finalmente sucumbe.
Mientras Aya toma su merecido descanso en un barco de la Marina cercano, lo que quedaba de las células de Eve logran dar a luz al Ser Definitivo, con la ayuda de los restos de la gran masa mitocondrial. La poderosa criatura destruye las fuerzas de la Marina, excepto el barco donde se encuentra Aya, el cual aborda de inmediato para dar comienzo a la batalla final. Aya enfrenta al Ser Definitivo, mientras éste último evoluciona a un ritmo alarmante frente a sus ojos, hasta llegar a la perfección absoluta. La criatura parece invencible, pero gracias a una munición especial creada por Maeda utilizando las células de Aya, la chica consigue derrotarla. Finalmente, Aya provoca que el barco se autodestruya y junto con él desaparece el Ser Definitivo.
La pesadilla aún no termina. En un rascacielos dentro de la ciudad, a la vista de todos, se ha estado gestando un mal aún mayor. Al parecer, esta criatura desconocida ha convertido el Edificio Chrysler en su fortaleza personal, llenándolo con todo tipo de poderosas criaturas. Aya logra perseverar después de complicadas batallas y finalmente llega al último piso del edificio. En esta sala, Aya se encuentra cara a cara con Maya, su hermana muerta, o al menos eso creía, ya que la entidad frente a ella se presenta como la «Eve Original«.
Esta nueva criatura explica que las neo-mitocondrias presentes en el cuerpo de Melissa Pearce surgieron efectivamente del cuerpo de Maya, poseído ahora por la Verdadera Eve. Hace tiempo, Hans Klamp trasplantó el riñón de Maya a Melissa tras el accidente. También le trasplantó una córnea a Aya. Tras 11 años, las células de Eve presentes en el riñón trasplantado tomaron el control total del cuerpo de Melissa y desataron este incidente. Las mitocondras en la córnea de Aya también le permitieron desarrollar sus poderes e inmunidad ante el control de Eve.
Mientras tanto, Klamp continuó cultivando las células de Maya para poder estudiar la entidad original. Mientras el cuerpo de Melissa daba a luz al Ser Definitivo, las células originales hicieron su nido en el último piso del edificio. Así, si en determinado caso Melissa y el Ser Definitivo fallaban, las células originales sobrevivirían dentro del cuerpo reanimado de Maya.
Aya no puede soportar más los engaños de Eve, ni el hecho de que esté controlando el cuerpo de su hermana, así que se desata la verdadera batalla final. Eve muta a su forma perfecta y utiliza todos sus increíbles poderes mitocondriales, pero termina siendo derrotada; no sin antes lanzar su última jugada y tratar de apoderarse del cuerpo de Aya, el cuál ahora posee un poder superior al de su hermana. Finalmente, Eve es rechazada y eliminada gracias a un último sacrificio de Maya.
Aya pierde todos sus poderes, pero desarrolla unos nuevos, de menor intensidad, ya que la amenaza de los mutantes Neo-motocondriales ha sido lanzada al mundo y alguien debe detenerlos.
Pandemonium 
Quisiera saber que significa la escena final donde a Aya se le ponen los ojos rojos y a las demas personas