El verdadero jefe final de Parasite Eve, la Eve Original, reside en el último piso del Chrysler Building, durante el EX Game. Como último miembro del trío de jefes finales exclusivos de este modo, Eve es por mucho el enemigo más poderoso de todo el juego, teniendo cinco veces la vitalidad del Ser Definitivo.
Tras el trasplante que convertiría a Melissa Pearce en la segunda Eve, Hans Klamp continuó cultivando las células de Maya para poder estudiar la entidad original. Mientras el cuerpo de Melissa daba a luz al Ser Definitivo, las células originales hicieron su nido en el último piso del edificio. Así, si en determinado caso Melissa y el Ser Definitivo fallaban, las células originales sobrevivirían dentro del cuerpo reanimado de Maya.
Para enfrentar al jefe final debes estar completamente preparado. Asegúrate de llevar todos los Revives, Full Recover, Full Cures y Medicinas 4 que puedas cargar. Si es necesario, usa los puntos Bonus para expandir tu inventario, el máximo de capacidad es 50, añadido al efecto +4 de tu armadura, si lo tienes.
Tu nivel debe estar arriba de 35 al menos, con más de 60 puntos en Tiempo Activo. Tu armadura debe tener al menos 400 puntos de defensa para no morir después de tres golpes del monstruo y equipada con los mejores Efectos posibles, entre los que destacan HP Máximo, Incremento de Ataque, Resistencia a Veneno, Ceguera, Parálisis y Confusión, Bolsillos +4, Uso de Medicinas Automático y PE Ligera.
En el caso de tu arma, es recomendable tener una que utilice como base la FA-MAS o la M96R, ambas disponibles en los últimos pisos del Chrysler Building. El ataque debe ser superior a 400, con una capacidad de 80 balas por cargador para evitar recargar a media batalla. El alcance no es muy importante, 90 puntos deben ser suficientes para cubrir el pequeño espacio de la batalla.
En cuanto a Efectos, los más útiles son Comando Triple, un sólo disparo por turno (esto quiere decir que sólo debes disparar una bala por Comando, así ahorrarás munición y harás más daño), Contraataque y Disparo Rápido. Si juntaste las catorce tarjetas coleccionables raras durante el recorrido en el edificio, dáselas a Wayne en el Departamento de Policía. Una vez que se las hayas entregado todas, pregúntale por su colección y te dará a cambio el Kit de Súper Herramientas, con el que podrás mejorar tu equipo indefinidamente sin perder nada.
Eve posee 40 000 HP. Puede utilizar «Heal», «Energy Shot» y «Barrier». Permanece flotando por toda la habitación, teletransportándose repentinamente para golpearte a toda velocidad. Su principal ataque es un combo de tres golpes muy poderosos, que también te indicarán cuanto falta para vencerla: al principio sólo te golpeará una vez; tras quitarle 15 000 HP te golpeará dos veces; y después de quitarle 30 000 HP, te golpeará tres veces, el último golpe es obscenamente fuerte, si tu defensa no es mayor a 450, la combinación de los tres ataques te matará. Es posible esquivarlos con «Haste».
También tiene dos técnicas que involucran invocar una versión fantasma de Maya, ambas son inevitables y producen estados alterados, Parálisis y Confusión. En adición, el fantasma de Maya puede conjurar «Heal» sobre Eve, permitiéndole recuperar 1000 HP. Cada vez que lo haga, Eve ganará 1000 HP adicionales, llegando a recuperarse completamente. Por ello, esta batalla cuenta con un límite de tiempo.
Maya también puede invocar «Barrier» sobre el monstruo, todos tus ataques le harán 2 puntos de daño a lo mucho por un corto periodo. Pero esto un mero añadido al ataque más poderoso de la criatura, tras recibir «Barrier», cargará su propia versión de «Energy Shot». Este ataque es inevitable y te quita toda tu vida, salvo un punto. Tras disparar, Eve quedará aturdida por cinco segundos que puedes aprovechar para contraatacar.
Si tienes suficientes provisiones, además de un arma y armadura decentes, la batalla será equilibrada. Dispara a Eve cuando la tengas a la vista y evita sus golpes con «Haste», deja que los Efectos de tu armadura se encarguen de revivirte cuando recibas los ataques inevitables y usa «Full Recover» o «Full Cure» contra los estados alterados.
Morirás un par de veces, así que los Revives o «Preraise» son vitales. Para evitar que la criatura se recupere, no dispares mientras Maya esté en el campo de batalla, incluso si lo único que ves es su sombra. Cuando Eve te señale para invocar a Maya e infligirte estados alterados, permanece inmóvil hasta que la sombra de Maya desaparezca. Entonces, continúa con tu ataque, procurando invocar «Liberate» un par de veces.