Pesadillas
Sebastian Castellanos ha perdido lo poco que quedaba en su vida, cordura, trabajo, amigos y reputación, debido a un retorcido experimento realizado por una organización secreta llamada Mobius hace varios años. Ahora, lo único que le permite seguir adelante es el deseo de llevarlos ante la justicia, pero la influencia de la organización va más allá de su imaginación, lo han mantenido vigilado y conseguido reducirlo a una ligera molestia de la que no vale la pena preocuparse; para el ciudadano promedio de Krimson City las declaraciones de Sebastian no son más que los desvaríos de un vagabundo ebrio ansioso por compartir sus teorías de conspiración.
Luego de un terrible sueño que lo trasporta al incendio donde perdió a su hija Lily, el detective despierta en un bar a mitad de la noche, sólo para encontrarse cara a cara con Juli Kidman. Tres años han pasado desde el terrible incidente en el Hospital Beacon, Sebastian había perdido todo rastro de la agente encubierta de Mobius, hasta ahora. Kidman va directo al punto. Muestra a Sebastián una foto de su familia, recuperada del incendio en su antigua casa y le confiesa que Lily sigue con vida, en poder de Mobius. Consternado, el hombre exige respuestas, pero los agentes consiguen reducirlo rápidamente. La organización requiere de su cooperación, voluntaria o no, sin discusiones.
Sebastian es trasladado a una de las instalaciones secretas de Mobius. Allí encara al Administrador, uno de los integrantes de alto rango de la organización. Éste le explica que luego de Beacon, lograron crear un nuevo y mejorado sistema STEM, pero para evitar las desafortunadas consecuencias del modelo original, necesitaban una mente pura y limpia como núcleo del sistema, la mente de una niña inocente: Lily Castellanos. Gracias a ella el nuevo STEM ha sido un arrollador éxito, hasta ahora.
Hace poco más de una semana, Lily dejó de enviar señales y el entorno de STEM comenzó a colapsar. Todos los agentes que han sido enviados al interior de la máquina han desaparecido. El Administrador ofrece a Sebastian la oportunidad de volver a ver a su hija y salvarle la vida; sin un núcleo, se pierde todo control sobre el sistema y desconectar a cualquiera supondrá su muerte inmediata. Castellanos acepta y se conecta nuevamente a su peor pesadilla, la máquina STEM diseñada por Ruvik. Kidman será su contacto con el exterior y también habrá otros que le ayuden desde dentro para logar su objetivo.
Unión
La entrada a STEM no podía ser más dramática. Revive sus recuerdos más dolorosos, lo que creyó fue la muerte de su hija, la despedida de su esposa Myra, y el Hospital Psiquiátrico Beacon, hasta llegar a un sitio que luce idéntico a su antigua oficina el Departamento de Policía. Kidman utiliza un dispositivo especial para contactarle, le explica que se encuentra en una zona separada del sistema principal, una «sala segura» formada por sus propios recuerdos, donde Mobius puede enviarle información para la misión.
Allí descubre que quedan cinco agentes de la organización con vida dentro de STEM, que ha sido diseñado a imagen de una pequeña ciudad campestre de los Estados Unidos llamada Unión para tener relajados y tranquilos a los sujetos de prueba. Sebastian echa un rápido vistazo a los documentos, sale del lugar a través de un espejo para dedicarse a la búsqueda de su hija. Acuerda con Kidman contactar a los miembros del equipo de seguridad primero y reunir pistas al interrogar a los locales.
Aparece en el interior de un edificio desconocido donde se exhiben retorcidas obras de arte. Resalta una habitación en particular donde encuentra a William Baker, del equipo de búsqueda, o lo que queda de él, pues su cadáver está atrapado en un bucle infinito que muestra el momento justo de su muerte una y otra vez. Asombrado y confundido, Sebastian continúa con la investigación del lugar, que parece ser un hotel lleno de cadáveres. Presencia a un sujeto desconocido asesinando personas para conservarlas en ese llamativo prisma que repite el momento de la muerte, así como otras de sus «obras» más elaboradas.
Mientras busca una salida, el entorno se vuelve más y más retorcido. Se encuentra de frente con el asesino, quien le toma una fotografía e invoca un grotesco monstruo que persigue a Sebastian. El detective consigue escapar por poco de la criatura y aparece en una apacible cabaña rodeada por el bosque. Al inspeccionar el interior consigue suministros médicos y una pistola, además ha conservado el cuchillo que el asesino de la cámara intentó usar para acabar con él.
Afuera contacta con Kidman, le informa de la muerte de Baker, líder del equipo de seguridad, y de su breve visita a la guarida del asesino con poderes sobrenaturales. Todo el asunto está lejos de ser una simple misión de rescate y parece más otro capítulo de Beacon. Por el momento acuerdan reunir más información, por lo que Sebastian se pone en camino a la pequeña y pintoresca ciudad usando el único sendero a través de la foresta.
El sendero al pueblo parece demasiado tranquilo, y ya ha encontrado un par de cadáveres en el camino. Más adelante divisa a una persona entrando apresuradamente a una casa, así que decide seguirla para interrogarla. La puerta no está cerrada, y una vez en el interior es atacado por una horrible criatura. Luego de eliminarla contacta con Kidman para informar que la gente de Unión también se transforma en monstruos, igual que en Beacon. Lily corre peligro de algo más que simplemente «estar perdida».