Habían pasado casi 3 años desde el horror del caso Manhattan. Tras dejar la policía, yo me había convertido en cazadora de NMC. Persiguiendo criaturas en fuga, terminé viviendo en Los Ángeles. Para entonces los mutantes mitocondriales como Eve estaban al borde de la extinción. Pensé que era el fin de mi lucha… hasta aquella noche de fines de verano.
4 de Septiembre, 2000 8:18 p.m. Cuartel General del M.I.S.T., Los Ángeles
La existencia de las Criaturas Neomitocondriales se ha mantenido en secreto. El Equipo de Investigación y Supresión Mitocondriales es un grupo de agentes con la misión de eliminar a las NMCs, evitando que se multipliquen. Cuando algunos mutantes escaparon de Manhattan y comenzaron a reproducirse, muchas organizaciones aparecieron para tratar de contenerlos. Eventualmente todos ellos fueron unificados como una división formal del FBI. El total de empleados de la rama en L. A. es 12, incluyendo a Aya Brea la heroína que colaboró con el ejército para detener a Eve hace ya casi tres años. El Agente Supervisor de este equipo es Eric Baldwin, siete Cazadores trabajan bajo sus órdenes, incluyendo a dos científicos, un especialista en informática y un encargado del arsenal.
Aunque últimamente Aya está fuera de forma y algo distraída en el trabajo debido a unos extraños sueños, no hay tiempo para relajarse. Parece que en la Torre Akropolis, un renombrado centro comercial, se ha armado un gran lío incluyendo reportes sobre “monstruos”. Tras una rápida visita al arsenal del M.I.S.T., Aya se dirige al lugar de los hechos.
4 de Septiembre, 2000 8:56 p.m. Akropolis Tower, Los Ángeles.
Nada más al llegar se encuentra con todo un despliegue policiaco a las afueras de la torre. El helicóptero que sobrevuela el edificio es derribado y algunos agentes que no alcanzaron a salvarse yacen tendidos por ahí. Se abre paso para hablar con el sargento a cargo de la operación. El oficial le informa que apenas han podido contener la situación, el equipo SWAT ya entró en acción, sin embargo se ha perdido todo contacto con el interior. Afortunadamente todos los civiles ya fueron evacuados, así que ahora corresponde a M.I.S.T. cerrar el caso.
La agente toma el elevador al último nivel. Al llegar al área central, presencia una verdadera masacre. Todos los hombres de SWAT fueron aniquilados, dejando el ambiente cargado a un fuerte olor a sangre y pólvora. Un teléfono suena en la parte más alejada de la sala. Es Baldwin. Tras recibir un informe pormenorizado, el supervisor ordena seguir investigando.
Después de presenciar a otro agente perecer a manos de una extraña criatura humanoide, Aya encuentra al fin a un sobreviviente, otro hombre de SWAT. El policía le informa que aún hay una civil escondida en la Cafetería, pero no ha podido salvarla. Le entrega la llave del Café Partenón, pidiendo que termine el trabajo. Misteriosamente, la civil en cuestión está sentada tranquilamente tomando un café mientras todos a su alrededor mueren de forma horrible. Aya llega a su lado, pero de inmediato la chica se transforma en una enorme bestia frente a los ojos de la agente. Tras una breve batalla, la NMC es derrotada y después de examinar su cuerpo, Aya obtiene un extraño implante.
El enemigo se reanima listo para un último ataque, pero es frenado de inmediato por Rupert Broderick, otro Cazador de M.I.S.T., quien acaba para siempre con la criatura. Sorprendidos por las capacidades polimiméticas del monstruo, ambos agentes acuerdan pedir refuerzos a Baldwin. La cadena de mando del M.I.S.T. no puede enviar a más personal, sin embargo, la policía ha dado permiso para usar las armas abandonadas. Pierce, el experto en informática, fascinado por la nueva especie con apariencia humana pide a Aya llevar el implante del monstruo al cuartel. Por cierto, ambas salidas hacia los elevadores han sido bloqueadas.
Investigando el resto del nivel, Aya se vuelve a encontrar con Rupert justo cuando está siendo atacado por un inquietante hombre enmascarado. Nuestra heroína llega justo a tiempo para salvarlo y el agresor huye demostrando unas increíbles capacidades físicas. También se enteran de que el sobreviviente del SWAT en realidad planea volar la torre, el mismo que envió a nuestra agente a “rescatar civiles”, parece que está trabajando en equipo con el enmascarado.
Baldwin enviará un helicóptero para evacuar, pero también es una prioridad detener a ambos sospechosos. Aya sigue los rastros destructivos del enmascarado, un par de puertas destrozadas, una NMC agonizante y otra bomba hasta que finalmente llega al pasillo del helipuerto. Ahí es confrontada por el siniestro enmascarado, quien tiene en su poder lo que parece ser el detonador de las bombas y también un enorme machete en llamas. Utilizando un par de cables de alto voltaje, una tubería de gas y algunas granadas, logra detener al extraño hombre-mono, quien sube al helipuerto listo para el segundo asalto.
En pleno helipuerto, el extraño sujeto recibe la orden de retirada, lanzándose desde una altura considerable al edificio de al lado. Rupert aparece de inmediato con el detonador en la mano. Parece que el compañero del monstruo tenía otro mando a distancia porque las bombas se activan y la Torre Akropolis es destruida. Afortunadamente, los agentes de M.I.S.T. son rescatados a tiempo por un helicóptero de la policía.
5 de Septiembre, 2000 1:44 a.m. Cuartel M.I.S.T. Los Ángeles.
De vuelta en el Cuartel, Baldwin hace honor a su apodo y felicita a ambos agentes, dejando a Rupert fuera de servicio hasta que se recupere de sus heridas; los otros elementos de M.I.S.T. se ocuparán de limpiar los restos de la torre. Además le entrega a Aya varios documentos para su próxima misión: se han reportado numerosos casos de mutilación de ganado en el desierto, los cadáveres presentan deterioro celular en las heridas, por lo que todo apunta a un ataque de NMCs. Para encubrir la operación se supone que Aya sigue las huellas de un asesino en fuga.
Antes de salir hacia al desolado Dryfield, nuestra agente se prepara con mejores armas y se encuentra de nuevo con Pierce. Éste le informa que el implante recuperado de la criatura en la cafetería es en realidad un mini transmisor, por lo que aquel monstruo al parecer pertenecía a alguien; no sólo eso, un examen minucioso del artefacto reveló que contenía arena del Desierto de Mojave, por lo que la presente misión parece estar conectada con el incidente en la torre.
5 de Septiembre, 2000 12:13 p.m. Desierto de Mojave, Nevada
Después de un viaje sin contratiempos, Aya llega al pequeño poblado de Dryfield. La primera impresión es de un lugar tranquilo, así que la agente decide apegarse al procedimiento e interrogar a los habitantes del lugar. Tras inspeccionar un poco y encontrar un par de criaturas nuevas, conoce al único sobreviviente, Gary Douglas, quien se hace cargo de salvaguardar el pueblo. Gary debe patrullar el lugar, así que manda a la chica a descansar en el Cuarto No. 6 del Motel. Con la esperanza de obtener algo de información después, decide hacer caso y se marcha a la habitación. Desde el balcón de la misma alcanza a ver a otro sobreviviente en la torre de agua.
La torre de agua está protegida por una valla electrificada, pero un par de horribles bestias cuadrúpedas con rasgos humanos/equinos han cavado un túnel para alcanzar al sobreviviente. Aya las elimina a todas auxiliada por sus poderes y logra rescatar al pobre sujeto. El tipo se presenta como Kyle Madigan, un detective privado en L.A. enviado a investigar un “Refugio” cercano. Está muy bien armado y de inmediato toma el control de la conversación, incluso parecería que planeó todo esto para conseguir información de Aya; pero en fin, ambos deciden colaborar para indagar sobre el refugio y la aparición de las criaturas.
Douglas está de vuelta y Aya se dirige a su caravana a verlo; en el camino conoce a Flint, el fiel perro guardián de Gary. Dentro del tráiler, la agente le interroga respecto del refugio que mencionó Madigan, pero de repente un horrible grito rompe la calma del lugar. Proviene de la casa abandonada al otro lado del pueblo. Aya se dirige de inmediato a investigar y encuentra dentro de la casa al siniestro sujeto que hizo volar la torre, quien acaba de eliminar a otra de esas criaturas miméticas. Ahora puede terminar con el combate del día anterior usando su nueva Gunblade.
Tras una ligera batalla, el desconocido suelta un poco de información sobre Eve y las criaturas, provocando que Aya pierda el control de sus poderes por unos momentos, incendiando a su enemigo y perdiendo el conocimiento.
Cae la noche. Despertando de un extraño sueño, Aya se encuentra cara a cara con Madigan, en la casa abandonada. En sujeto del Sable-pistola ha desaparecido. Kyle ha conseguido más información sobre el refugio misterioso, al parecer la entrada está en las colinas detrás del pueblo, pero sólo se puede llegar dando un gran rodeo en automóvil. La chica ofrece ir en su fabuloso Sedán amarillo, pero cuando llegan al lugar donde lo dejó aparcado descubren que ha sido destruido por una manada de ANMCs hambrientas.
Buscando otras opciones deciden pedir prestado el Camión de Douglas, sin embargo, necesita unas reparaciones. Aya se retira a descansar en su habitación del Motel y Madigan se relaja en el Bar local mientras Gary termina. Antes de irse a dormir, nuestra agente llama al cuartel general, donde le informan que Pierce ha desaparecido del edificio.
El sistema automático del televisor la despierta de repente. Decide tomar una ducha para recuperar fuerzas, pero cuando finalmente tiene un momento para recobrar el aliento tras un largo día de luchar contra legiones de monstruos, el hotel comienza a sacudirse. Una enorme bestia con un lanzallamas en la boca ataca el pueblo. Ha atravesado todas las trampas de Douglas sin problemas y ahora corresponde a Aya acabar con él.
Tras una batalla que ha cimbrado los cimientos del Dryfield y casi destruye el Motel por completo, el Burner es derrotado. Aya se reúne con Kyle y Douglas, partiendo junto al primero hacia el refugio en las montañas. De paso Madigan ha averiguado que la gente en el refugio tal vez planea utilizar el poder mutacional de las neomitocondrias, junto a vectores virales, para producir un virus que altere la genética humana en las próximas generaciones, convirtiendo a todo el mundo en las NMCs que deambulan por Nevada.
6 de Septiembre, 2000 12:06 a.m. Meseta cerca de Dryfield, Desierto de Mojave
Una manada de “caballos” embosca a nuestros protagonistas a la entrada de una misteriosa mina. Madigan está herido, por lo que Aya le ordena refugiarse en el túnel mientras ella acaba con las criaturas. Dentro de la mina encuentra una pequeña instalación eléctrica y una gran sala donde enfrenta al macho alfa de los “caballos”. Tras eliminar al líder de la manada, llega a una puerta secreta. Aún sin rastros de Kyle y con las cosas poniéndose cada vez más sospechosas, llega por fin al renombrado Refugio.
Sacado directamente de una película de ciencia ficción, la dichosa instalación secreta está muy bien conservada, presentando la más novedosa tecnología científica y de vigilancia, incluyendo Vigilantes robóticos armados con rayos láser y ametralladoras; también está infestado de horribles monstruos, incluyendo viejos conocidos de la superficie. Las órdenes del superior son claras: inspeccionar a fondo el refugio.
A través de sus cuatro niveles, Aya comienza a descubrir la verdad sobre los horribles experimentos efectuados en la instalación, alteración genética, órganos artificiales, clonación, etc. En un pasillo en particular se encuentra con una rara criatura con la capacidad de hablar. Para descubrir la verdad sobre el Refugio decide darle caza, pero termina cayendo en una trampa que la deja en la zona de desperdicios Nivel B4.
Ahí pelea contra el Emperador de los Desperdicios y es salvada de ser incinerada por Kyle Madigan, quien fue emboscado de nuevo dentro de la mina. Tras inspeccionar el resto del nivel, Aya logra regresar a Dryfield, dejando a Kyle a cargo de la investigación en el refugio. Se encuentra con Flint y lo sigue hasta la torre de agua donde salva a Pierce, quien había salido en una misión de rescate no muy exitosa. Tras asegurar al experto en informática, regresa al refugio, revelando el origen de la nueva oleada de criaturas.
La Organización secreta propietaria del refugio comenzó un proyecto neogenético, denominado Plan Neotenia II, un proyecto dirigido a crear una nueva humanidad utilizando la capacidad mutacional de las neomitocondrias. Primero se obtendría una muestra genética neomitocondrial de capacidad similar o superior a las que causaron el Caso Manhattan, posteriormente se crearían diversas Criaturas Neomitocondriales Artificiales mediante la aplicación de neomitocondrias para buscar el modelo ideal de humanidad artificial.
Finalmente se aseguraría la subsistencia de la humanidad en los siglos venideros, con la propagación sistemática del modelo a todo el planeta. La muestra genética se obtuvo en enero de 1998; se crearon numerosas ANMCs, pero surgieron problemas como falta de control y la imposibilidad de subsistir sin la ayuda de órganos artificiales. Lo más sorprendente es que la muestra se obtuvo de Aya Brea, así que las criaturas están relacionadas directamente con la protagonista.
Pierce ha llegado al refugio, listo para invadir su red y descubrir todos los secretos. La instalación cuenta con una especie de invernadero subterráneo protegido por una fuerte barrera electromagnética, Neo Ark, que posee además un par de generadores que alimentan a una enorme crisálida en la sala de control; este monstruo está destinado a convertirse en un ser volador y esparcir el virus de alteración genética por todo el mundo. Si logran apagar esos generadores, tal vez detengan el nacimiento de este nuevo Ser Definitivo.
Mientras tanto, el Presidente prepara un plan de emergencia, denominado Plan D, para contener a las criaturas, ya que su agente infiltrado ha reportado que no ha podido destruir el objetivo. Aya se encuentra con el estrambótico Neo Ark, una reproducción fiel del medio natural de la Tierra que contiene selvas tropicales, bosques de coníferas, sabanas, arrecifes de coral y glaciares. Como algo sacado de Parque Jurásico, en cada recinto se duplican las condiciones reales de temperatura, humedad y suelo donde se exhiben colonias de neohumanos (ANMC) adaptados a cada hábitat. Rápidamente se dirige a explorar el invernadero, destruyendo los dos grotescos generadores orgánicos que le dan poder al lugar y a la crisálida gigante.
Aún con ambos generadores destruidos, sigue fluyendo una enorme cantidad de energía desde una zona en particular del Neo Ark a la que sólo se puede acceder desde el refugio, por lo que Aya regresa y toma un ascensor hacia los secretos más profundos de la instalación. Las paredes están cubiertas con maquinaria de vigilancia y control, una extraña chica con un casco controla a una ANMC para defenderse, a la que Aya elimina sin problemas. Asustada, la chica retrocede hacia la otra habitación que parece una sala de pruebas, donde utiliza al poderoso Puppet Stinger como última línea de defensa.
Tras una ardua batalla, la marioneta de la niña es destruida. Kyle aparece, indicando que deben atrapar a la chica misteriosa. Dentro de la siguiente habitación logran dar con ella. Aya le quita el casco y descubren que es un clon de nuestra agente llamada por los tipos que la crearon “Eve”. Pierce llama por teléfono pero la llamada se corta; de inmediato, los protagonistas son atacados por unos misteriosos cyborgs. Madigan se queda para detenerlos mientras Aya y Eve escapan hacia Neo Ark, pero Eve es secuestrada por el individuo que voló la torre Akropolis, quien se identifica al fin como No. 9. Ya desplegado sus fuerzas armadas por todo el refugio, unos soldados artificiales llamados “Golems”. Se retira agradeciendo a Aya por romper la barrera que mantenía protegida a Eve, ahora el No. 9 puede completar el plan de la organización.
De regreso en el refugio, Aya se dirige a la Sala de Control para buscar a Pierce, pero éste ha desaparecido dejando una nota. Al parecer la Organización maligna ha estado utilizando a M.I.S.T. para completar sus investigaciones y el jefe Baldwin está implicado en gran medida en el asunto. Aya llama a Jodie para advertirle y se dirige al aparcamiento subterráneo decidida a rescatar a Eve. Siguiendo sus pistas, llega al helipuerto del refugio, pero todo resultó ser una trampa para eliminarla. Afortunadamente, el ejército ha llegado, convocado por Jodie y salvan a la agente de una legión de Golems.
6 de Septiembre, 2000 3:52 p.m. Desierto de Mojave, Nevada
El Teniente al mando parece sorprendido por los reportes sobre neomitocondrias y monstruos, pero ya que no hay rastros de Eve, Pierce, Kyle o el No. 9, decide permitir que Aya regrese al refugio para encontrarlos y rescatar a la niña auxiliada por el fino olfato de Flint, enviado por Douglas desde Dryfield. Pierce es rescatado en el Congelador de Golems y es guiado por Flint a la salida. Los soldados reciben la orden de retirada pero Aya sigue su búsqueda hasta la Sala de Control donde finalmente todo se revela.
El plan maestro es unir la conciencia de Eve al poder inimaginable del Ser Definitivo dentro de la crisálida y hacerlo invencible; así toda la humanidad sería convertida en ANMC en cuestión de meses. Al perecer Madigan se ha aliado con la Organización; pero todo era parte de su plan. Por sorpresa, incapacita al No. 9 y salva a Eve de la simbiosis con la criatura. El U.B. absorbe entonces al No. 9 acabando con él para siempre. Sin embargo, debido al aparente fracaso de Madigan, el gobierno decide usar una poderosa arma electromagnética montada en un satélite para borrar todo rastro del refugio. El bombardeo hiere de gravedad a Kyle y a la crisálida, pero el monstruo aún está vivo y cae junto con Eve a la fosa debajo de la sala de control.
Aya se dirige a enfrentarlo, desatando una fiera batalla contra el nuevo U.B., quien termina siendo derrotado y se disuelve en una gran cantidad de células derretidas. Con un último esfuerzo, el monstruo alcanza a Eve y logra fusionarse con ella creando de nuevo un Ser casi invencible. Aya libra una última batalla y logra vencerlo.
Un equipo de rescate encuentra a las dos chicas tendidas en la fosa. Todo el incidente ha sido encubierto por el gobierno, como un atentado nuclear terrorista por parte de una secta fanática, evitando toda conexión con el Caso Manhattan. Ahora que la doble identidad de Madigan se ha revelado, decide renunciar al servicio secreto y darse a la fuga. La directiva de M.I.S.T. y varias autoridades del FBI fueron arrestadas por haber filtrado información a una entidad privada.
Rupert ocupó el puesto de Baldwin y trabaja con Jodie en secreto para que el público sepa la verdad sobre las NMCs. Pierce colabora ahora con Kunihiko Maeda para encontrar a los portadores de neomitocondrias a través de la Internet y enseñarles a usar sus poderes para evitar perder el control. Douglas se recuperó de sus heridas en el bombardeo y logró reconstruir Dryfield. Aya se ha hecho cargo de Eve y ahora pasa por su hermana, su poder mitocondrial ha desaparecido sin dejar rastros.
Primera Forma 
Pandemonium 